RFdiffusion3 上 Science：把设计单位从残基换成原子，速度十倍，零样本做出活酶
华盛顿大学蛋白设计研究所（IPD）的 Baker 实验室把 RFdiffusion3（RFD3）的详细设计发表在 10 月 15 日的《Science》上（David Baker 为通讯作者，合作方含牛津大学与英伟达）。方法上的改变是把设计的基本单位从氨基酸换成原子：每个残基固定用 4 个主链加 10 个侧链原子表征，模型用自由原子扩散、在给定配体、核酸与催化基团的条件下直接生成每个原子的三维坐标。因为原子层被显式建模，氢键供受体状态、单个原子的埋藏程度、配体相对蛋白质心的位置这类约束可以写成模型的输入条件，而不再需要为每一类任务单独造一个专用模型。
论文自述的效果有两层。计算侧：在多项 in silico 基准上优于前代，计算成本约为上一代的十分之一，典型蛋白长度下生成速度约快 10 倍（稀疏注意力加精简架构，去掉了三角形乘法与三角形注意力更新）。实验侧：用零样本的 96 个构建设计批次，做出能分解对氧磷（一种有毒有机磷化合物）的磷酸三酯酶——其活性位点含一个氨甲酰化赖氨酸同时配位两个金属离子，以及能选择性切开与转甲状腺素蛋白淀粉样变相关肽段的锌蛋白酶；同一模型还被用来设计 DNA 结合蛋白与 RNA 结构。
需要说明边界：RFD3 的代码与权重早在 2025 年 12 月 3 日就已经开源，这次新增的是同行评议与设计细节，所以本站把本条计入资讯流、不在模型时间轴上另加一条（时间轴记的是模型公开时点）。论文里的实验数据我只读到官方新闻稿与摘要层面，没有逐图复算。
原文链接：Science / 华盛顿大学 IPD
核验记录
日期核验（三条通路各试过）：science.org/doi/10.1126/science.aeh2982 本机直读 403（Cloudflare），archive.today 的 .ph 与 .md 两个 newest 均 429，Wayback id_ 403 —— 出版社页面未直读。同日两个独立官方字段互证：① PubMed（eutils 直读 200，PMID 42879533，Science 卷期项 MedlinePgn eaeh2982，入档 2026-10-15 23:30，摘要全文可读）② AAAS 官方新闻稿 EurekAlert 1147251（直读 200 / 107,888 字节，正文含 DOI 与 Article Publication Date 15-Oct-2026）。IT之家 10-19 07:22 的报道写「当地时间 16 日」，与官方记录的 10-15 差一天，本卡取官方日期。数字来源：零样本 96 个构建的批次、两种酶与活性位点描述逐字取自 PubMed 摘要原文；十分之一与约 10 倍取自论文正文（PMC 预印本全文直读 200 / 255,601 字节，原文 one tenth the computational cost 与 approximately a 10-fold increase in speed over RFdiffusion2）。⚠ 未采信也未写入正文的一个数字：IT之家 称「41 个活性位点里 37 组优于 RFD2」，该口径在官方摘要中未见。与库内条目的关系：10-14 已收的 Nature 两篇（de-novo-proteases-rfdiffusion-nature-baker-lab）是同一实验室同周的应用结果，本条是 RFD3 模型本身的论文（不同期刊、不同日、不同内容），按 R34 判为两个发布事件，正文不重复那张卡的数字。模型层时点：IPD 官方页 /2025/12/rfdiffusion3-now-available/ 直读 200，datePublished 2025-12-03 并写明 releasing RFdiffusion3 as open-source software —— 开源时点不在 7 天窗内，故 models.json 不加条目。配图：IPD 官方 RFD3 页的官方图（AI-designed DNA-binding protein，摄影 Ian C. Haydon / UW IPD），1920×1080 JPEG / 170,796 字节，裸请求与带站内 Referer 双 200；取自 2025-12 的发布页，不是 Science 论文插图。发现通道：IT之家 list/ai.html 10-19 07:22 那条（本轮 50/50 解析成功）。
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